历史上，农村河道的清淤工程多是基于人工体力劳作的方式来完成，而大型清淤装备、清淤船只也基本上是为了港口、航道或大江大河的大规模疏浚工程而建造，无法进入中小河道进行施工，因此中小河流清淤工程一般没有非常合适的清淤装备进行施工。与农村河道清淤设备相关的另一个问题就是淤泥的处理问题。过去农村河道广泛存在“挖河泥”的冬季作业，并有将挖出来的河泥进行沤肥后作为肥料使用的习惯，这种习惯很自然地解决了淤泥的去向问题。而现在由于乡镇企业的发展导致了一些农村河道遭受了工业污水排放的污染，而农村生活方式的变化也使得一些小型工业废弃物、生活垃圾被弃置于河道之中。由于这些原因，一些河泥成为“污泥”，其性质不再适宜直接还田或经过沤肥后作为肥料使用。另一方面，农业生产中化肥的使用越来越普遍，也使得原先用河泥沤制的肥料逐渐丧失了需求。 目前对于河道淤泥主要是通过清淤将河道底泥中聚集的污染物移出河流，运至特定场所进行处理。但由于淤泥形成周期较短，几年就要清淤一次，故需投入大量人力物力。
河道清淤工程中存在问题：
（1）天然美景破坏多少天然美景因硬质驳岸而消失。天然河流中的曲流、深潭、浅滩、河漫滩、积水沼地、阶地、三角洲等丰富的地貌构成了河流形态的多样性，由此形成流速、流量、水深、河床材料等多种生态因子的异质性，为多种类的动物、植物、微生物提供生存环境。整齐划一的河道清淤断面、笔直的河道清淤走向、灰白色的堤防护岸，极大影响了水体的可达性和景观质量。破坏了植被丛旱生向水体的过渡生长，从而使该区域-具生物多样性的景观带消失
（2）亲水性下降，河道清淤设备动植物失去生存空间。
（3）水自净能力下降，水质发黑发臭，水泥等释放有害物质，水温升高；动植物消失导致水中氮、磷等物质不断富集，产生富营养化污染。
（4）河岸硬质化，隔断生物交流.直立式的混凝土、浆砌石墙式护岸割裂了土壤与水体之间的联系，使河道清淤处于封闭状态，阻断了水体与土地的物质生物交换，破坏了界面的生态平衡。
（5）河岸硬质化伴随着河道清淤设备截弯取直。深浅不一的河曲是动植物良好的栖息地，例如鱼、虾等动物在夏季深水区域生长，而早春在浅滩处繁衍，汛期在河湾的缓流处避难。截弯取直虽然增加了用地面积但造成鱼虾等动物在汛期极易被洪水冲走，导致其无法生存。
（6）地表径流夹带污染物长驱直入，并使下游水位快速汇集。污水失去了滩涂、植物的阻隔、沉淀、过滤、吸附吸收后便可长驱直入。尽管因流水加速消除了上游的安全隐患，但下游水流迅速富集后更易超越警戒水位。而且加快了水流速度后无形中增加了水流的破坏力，根据统计在硬质驳岸化前后雨水流速上涨了2-3倍。
（7）涵养水源、保持水土能力下降，流域用水量入不敷出。硬质驳岸使流速加快，地下水转化率降低，致使一些湖泊消失，河道清淤旱季干涸，地表径流水量的60%有效补给地下水，时至今日仅有10%的地表径流转换成了地下水；